Zwischen Maniok, Fischen, Mais, Schildkröten, Leguanen, Früchten, Krabben und Wild besiedelten die Payas-Indianer Roatan Island vor mehr als sieben hundert Jahren, während die Mayas über Mittelamerika herrschten. Sie waren kleiner und weniger fortgeschrittene Menschen, die Jade (ein Stein mit magischen und religiösen Kräften) abbauten und mit diesen auf dem Kontinent handelten.

Als Christopher Kolumbus 1502 auf den Bay Islands landete, fand er eine tief verwurzelte  einheimische Bevölkerung, die er versklavte und an verschiedenen Orten wieder ansiedelte. Dadurch war Roatan Island so gut wie entvölkert und, nach einigen Piratenüberfällen 1642, wurde es ein Versteckplatz für Piraten, Seeräuber und Freibeuter.

Sir Henry Morgan, der berühmte Seeräuber aus Wales, der Spaniens Kolonien in Kuba, Venezuela und anderen karibischen Regionen während dem späten 17. Jahrhundert plünderte,  machte Roatan Island für einige Jahre zu seinem Versteck. Auch Peter Wallace, ein britischer Pirat, gründete seine Hauptzentrale in der Nähe der Bucht Inseln.

Frühe geschichtliche Dokumente zeigen, dass um 1742 die Britten bereits die Insel bewohnten und nach einem Versuch einen grossen Teil der karibischen Küste zu beschlagnahmen, erbauten sie das alte Fort von Port Royal auf Roatan. Laut den Archiven von Belize, regierte Major Caulfield Roatan um 1745. Aus der Chronik geht hervor, dass einige aggressive, spanische Feindseligkeiten gegenüber der Britischen Niederlassung stattfanden.

Nach 37 Jahren des Friedens, attackierten die Spanier die Briten am 2. März 1782, in dem sie Port Royal bombardierten und beschossen. Der Kampf endete mit einer britischen Niederlage und der Zerstörung von allen 500 Häusern auf der Insel. 1788 evakuierten die Britten die Bay Islands und so blieb es seit ungefähr 15 Jahren ohne europäische Herrschaft.

Frustriert über den Abzug der Inseln, deportierten 1797 die Briten 5000 „Caribbean Blacks“, heute bekannt als Garifunas, zu den einsamen Stränden von Port Royal. Ausser diesen „Blacks“ und einer Hand voll Spanier, die versuchten die Insel wieder zu kolonisieren, blieb Roatan für beinahe dreissig Jahre unbewohnt. Bis 1821, die USA die Bay Islands beanspruchten und seine Unabhängig von Spanien deklarierten. Es gab aber keine ernsthaften Versuche, die Insel zu besiedeln oder sie vor der Störung vor anderen Mächten zu schützen. Alles was zu dieser Zeit eintraf war, dass von 1827 bis 1834 einige britische Siedler auf Roatan erschienen.

Die Insel wurde 1852 von Grossbritannien annektiert, aber am 30. April 1859 an Honduras abgetreten. Nach einigen Versuchen und Verhandlungen, wurde 1861 die ursprünglich britische Kolonie der „Islas de la Bahia“, ein Departement, unter der Obrigkeit Honduras.

Auch wenn Roatan seit dieser Zeit politisch zu Honduras gehört, haben die Zeichen der Vergangenheit, insbesondere die langjährige Herrschaft der britischen und spanischen Regierung, ethnisch und sprachlich markante Unterschiede zur Bevölkerung auf dem Festland gezeichnet. Die Bevölkerung von Roatan trägt seine Wurzeln in acht verschiedenen Kulturen – spanisch, britisch, Paya, Indisch, Garifuna, Afro-Caribbean, Anglo-Caribbean, Honduran-Spanisch und Amerikanisch – und, trotz der Tatsache das Spanisch 1872 als die offizielle Sprache deklariert wurde, sprechen die meisten Inselbewohner durch den starken Einfluss der Briten, heute noch englisch.